Marko Zajc je višji znanstveni sodelavec in vodja raziskovalnega programa Politična zgodovina (P6-0281). Raziskuje intelektualno zgodovino, zgodovino politične misli, različne perspektive mejnosti in javnosti v slovenskem, (post)habsburškem, (post)jugoslovanskem in (post)socialističnem kontekstu od 19. stoletja do konca 20. stoletja.
Med letoma 2008 in 2023 je vodil tri temeljne projekte ARIS, ki so obravnavali upravne meje, mejne reke ter ponovno uporabo meja, sodeloval je pri devetih ARIS projektih z različnimi tematikami, npr. položaj Slovenije v Jugoslaviji, postimperialne tranzicije, komunikacijske neenakosti v socialistični Jugoslaviji, šole in nacionalne/imperialne identifikacije, zgodovina samomora na Slovenskem.
Od leta 2017 opravlja dopolnilno delo predavatelja na Fakulteti za humanistične študije na Univerzi na Primorskem v Kopru. Deluje kot mentor mlade raziskovalke Nese Vrečer, asistentke Saše Hajzler in podoktorskega raziskovalca programa MSCA dr. Viktorja Strazzerija.
Marko Zajc je bil dvakrat štipendist OeAD na Dunaju (2005–2006 in 2008–2009), leta 2013 štipendist DAAD v Berlinu, leta 2014 pa štipendist kolegija Imre Kertész v Jeni.
Doktoriral je leta 2005 je na Univerzi v Ljubljani z disertacijo o slovensko-hrvaških odnosih in meji v obdobju 1830–1918.
Deluje v svetovalnih in uredniških odborih, redno sodeluje v strokovnih in javnih razpravah o politični zgodovini, mejah in politikah spomina. Svoje raziskave in mnenja predstavlja tudi v poljudnih publikacijah in javnih medijih.
